Leadership bagi Al-Ikhlash merupakan pelajaran penting yang harus diberikan kepada para santri sesuai dengan tujuannya yaitu kemasyarakatan. Para santri harus siap memimpin dan siap dipimpin, demikian semboyan yang selalu didengungkan pimpinan pondok kepada para santrinya.
Kemahiran memimpin tidak cukup dengan pembekalan teori kepemimpinan semata, melainkan harus disediakan arena untuk menampung para santri dalam berlatih secara langsung bagaimana memimpin.
OPPMA
Medan latihan utama adalah kepengurusan Organisasi Pelajar Pondok Modern Al-Ikhlash (OPPMA). Melalui organisasi ini para santri dididik untuk terampil berorganisasi, mereka berlatih mulai dari kepanitiaan pergantian pengurus, musyawarah, kemudian menjadi pengurus selama durasi 1 tahun. Setaip masa bakti diawali dengan musyawarah yang diagendakan pemilihan pengurus baru dan LPJ pengurus lama, menyusun program kerja serta pelantikan pengurus baru. Dilanjutkan dengan LDK bagi pengurus baru.
Tugas dan peran pengurus OPPMA adalah menggerakkan disiplin dan aktifitas pondok. Mualai dari kegiatan harian santri, penggerak bahasa, olahraga, kesehatan, kesenian, dapur serta warung pondok dan kantin, kebersihan lingkungan, pertamanan dan lain sebagainya.
Di sini para santri belajar arti ikhlash dan berjasa motonya, berjasalah dan jangan minta jasa, sepiing pamrih rameing gawe. Artinya berkarya dan berbuat, tanpa memperhitungkan upah atau jasa.
Gudep Pramuka
Selain OPPMA, yang menjadi medan latihan kepemimpinan adalah kepengurusan Gudep Pramuka pangkalan Pondok Modern Al-Ikhlash. Para pengurus berperan membantu pondok dalam gerakan kepramukaan, mulai dari penyelenggaraan latihan mingguan, perkemahaan, berbagai perlombaan dan pengiriman kontingen jika diperlukan.
Gudep juga bertugas menyelenggarakan KMD bekerjasama dengan Kwarcab kab Kuningan.
Organisasi Kelas dan Asrama
Latihan kepengurusan ini juga merupakan salah satu bentuk kepemimpinan dalam tingkatan dasar seperti menjadi pengurus Asrama dan pengurus kelas.