Dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan, Al-Ikhlash senantiasa menjalin kerjasama dengan berbagai pihak baik nasional maupun internasional. Kerjasama tersebut berupa keikutsertaan dalam berbagai pelatihan dengan mengirimkan para santri serta ustadz seperti pengiriman santri ke USIM Malaysia, IIUM, dan Pengiriman peserta Dauroh ke Universitas Umul Qura Mekah, Universitas Islam Madinah dan Al-Azhar Cairo. East-West Center Honolulu dan lainnya.
Di dalam negeri juga berbagai event nasional maupun internasional seperti seminar dan pelatihan senantiasa diikuti untukpeningkatan kapasitas para asatidz.
Kerjasama internasional juga dijalin dengan beberapa universitas di Sudan antara lain Univ Bakht Rida, International University Of Africa, Univ Shendy dan Univ Sudan Teknology wal Ulum.
Beberapa kegiatan bertarap International yang telah dilakukan antara lain:
- Kerjasama dengan Rabithah Alam Islami dalam distribusi al-Qur’an.
- Pengiriman Peserta Daurah Pengajaran Bahasa Arab di Universitas Islam Madinah dan Ummul Qura Makah KSA. 2015-2016
- Kunjungan Guru Amerika di Al-Ikhlash atas sponsor East-West Center. 2008 Program Patnership for School.
- Edu Tour bagi santri ke USIM dan IIUM Malaysia.
- Menjalain Kerjasama dengan Beberapa Perguruan Tinggi di Sudan: Universitas Bakht Alruda; Sudan Lil Ulum wa Teknologiya, Syarq Kordofan, Afriqiya al-Alamiya, dll.
- Mu’adalah dengan Univ Al-Azhar Cairo Mesir.
- Penyelenggaraan Musabaqah Hifdzil Qur’an Tingkat ASEAN
- Kuliah Umum dengan nara sumber dari dalam dan luar negeri.
- Kerjasama dengan ATdikbud Cairo Mesir dalam pertukaran pelajar/mahasiswa.
- Kerjasama dengan Arabic Researcher ID (ARID) Turki 1 Juni 2023 dalam penyelenggaraan pelatihan dan piblikasi ilmiah
- Kerjasama dengan Coucil fo Creartive Education (CEE) Finlandia 3 Juni 2023 dalam pengembangan inovasi pendidikan .
